Республиканская детско-юношеская спортивная школа по гребле на байдарках и каноэ открыта Постановлением коллегии Министерства народного образования Республики Башкортостан 12 ноября 1992 с целью привлечения детей и подростков к систематическим занятиям физической культурой и спортом, формирования здорового образа жизни, развития физических качеств, достижения оптимального уровня спортивных результатов в выбранном виде спорта, а также подготовке квалифицированных спортсменов – резерва для сборных команд Республики Башкортостан и России.

Распоряжением Кабинета Министров Республики Башкортостан от 05 сентября 2001 года школа преобразована в Государственное учреждение дополнительного образования детей Детско-юношеская спортивная школа по гребле на байдарках и каноэ с сохранением ведомственной подчиненности учреждения Министерству образования Республики Башкортостан. В 2007 году школа переименована в Государственное образовательное учреждение дополнительного образования детей Специализированная детско-юношеская спортивная школа по гребле на байдарках и каноэ.

На основании распоряжения Правительства Республики Башкортостан от 15 апреля 2011 года № 348-р и распоряжения Правительства Республики Башкортостан от 05 июля 2011 года № 836-р преобразована в Государственное бюджетное образовательное учреждение дополнительного образования детей Специализированная детско-юношеская спортивная школа по гребле на байдарках и каноэ.

На основании распоряжения Правительства Республики Башкортостан от 14 июня 2016 года № 631-р переименовано в Государственное бюджетное учреждение Спортивная школа олимпийского резерва по гребле на байдарках и каноэ Республики Башкортостан.

На основании распоряжения Правительства Республики Башкортостан от 24 марта 2023 года № 255-р переименовано в Государственное бюджетное учреждение дополнительного образования Спортивная школа олимпийского резерва по гребле на байдарках и каноэ Республики Башкортостан.